アフィリエイトプログラムとは、アフィリエイトを利用し会社や商品（メール・懸賞なのも含む）などを宣伝したいサイト運営者（マーチャント）が、アフィリエイトプログラムを提供してる広告代理店と契約をします。そして、自分のホームページやメールマガジンをを持っている方が広告代理店にパートナーとして登録し、アフィリエイトプログラム（バーナー広告）から自分のホームページにピッタリの広告リンクを貼ります。
例えば　貧乏サラリーマンが広告代理店とパートナー登録し自分のホームページにバーナー広告貼りました。貧乏サラリーマンのホームページを見ていたＡさんがホームページ上のバーナー広告からマーチャントの商品を購入、会員登録、資料請求する事で報酬が貧乏サラリーマンに還元される仕組みです。
ちなみに貧乏サラリーマン（私）
これによりアフィリエイトを利用しバーナー広告を貼る。ホームページやメルマガ運営者は、利益を得る事が出来きるのです。(^_^)ニコニコ　
また、広告を提供する。会社や商品を宣伝したいサイト（マーチャント）もホームページやメルマガの運営が自発的に宣伝活動をしてくれるので販売の促進や、知名度、認知どがアップする為かなりのメリットが有ります。
ホームページ運営やメルマガ発行者とマーチャントもお互いに利益を得る事になっている仕組みです。
マーチャント（広告主）・アフィリエイトサイト（個人・法人）を示すそうです。